藻溪之名，原为“燥溪”，最早见载于《宋故孺人柳氏墓志铭》，时在南宋绍兴十二年（1142年），其言曰：“葬于邑之燥溪瑞应山下。”

藻溪，既是溪名，又是地名。明弘治《温州府志·卷四·水》言：“燥溪，去城（指平阳县城）南五十里，在亲仁乡。又为村名，下枕阳岩山趾。其水自宋兰洋分源，有东西二溪，其流悉注于江。”

藻溪是藻溪平原唯一河流，分东、西两溪。西溪源流在今南宋镇、矾山镇昌禅片区等地，至昌禅三条溪村，三溪汇流，成为藻溪西溪段主要水源。东溪源流自青山村而出，经富山村汇合平水宫村方向流至矴步头，与西溪之水汇合。至藻溪老街附近的鱼嘴口，再分为东西二支：东支进入廿七都，西支纳盛陶溪，至流石两支汇合，通过流石水闸注入横阳支江。

藻溪镇以上属山区，溪床坡度陡峻，雨水不易调节；藻溪镇以下为平原，河道狭隘迂曲，不利于排泄防洪和蓄水灌溉。自古以来，藻溪因地势原因，溪水不易储蓄，故称“燥溪”。

清中期，始在滩下筑坝，溪水渐蓄，因水质好，藻类丛生，至清乾隆年间始称“藻溪”，乾隆《平阳县志》已见“藻溪”之名；灵溪百丈林氏清乾隆时所修族谱里也有“藻溪”之称；藻溪黄厝内黄氏同治年间（1862—1874年）所修宗谱里保存之乾隆间谱序中也有“藻溪”之谓，但大部分古文献仍称“燥溪”， 从苍南各地方言对“藻溪”的称谓上看，民间仍然多以“燥溪”之音呼之。

据明代弘治年间《温州府志》记载，时已有村落，并有寺庙，“瑞应寺，在亲仁乡燥溪……”据民国《平阳县志》对乡都的介绍，按旧志记载，乾隆年间已有“市”，即藻溪彼时已拥有市集。清代嘉庆年间（1796—1820年），因交通之便，在鱼嘴口至滩下埭前喇叭口间形成小街道。至民国初期，因是茶叶、烟叶贸易之地，逐渐兴旺，形成直街、横街、新街等多条街道，并有二十七都、二十八都两个埠头。至民国中期升格为乡，民国后期成为镇，中华人民共和国成立初期建区。后各有变化。今藻溪行政级别为镇。（资料来源：《苍南地名溯源》苍南县政协文史资料第三十六辑，杨道敏主编，线装书局）